a. I partner Bioinformatici elencano una serie di richieste e servizi che ritengono importanti per il laboratorio, con una scala di priorità
 b. I partner tecnologici individuano una possibile soluzione "integrata" per la loro realizzazione.
 c. 3 o 4 test-bed (almeno uno per ogni partner Bioinformatico) saranno realizzati entro il primo MileStone.
 d. La realizzazione del laboratorio sarà costantemente monitorata durante tutto il progetto
 e. Contatti costanti con analoghi progetti italiani ed Europei per valutare la possibilità di un eventuale coordinamento, sia in campo bioinformatico (integrazione di laboratori) che in campo informatico (adeguamento a nuove tecnologie).

 a. Nodi di Calcolo (eventualmente HPC)
 b. Dati (Database pubblici e privati creati nell’ambito del progetto)
 c. Storage
 d. Servizi (tools di analisi/visualizzazione)

La Grid sarà costituita da diversi nodi, inizialmente locati presso i partner, alla fine del progetto sarà aperta alla integrazione della intera comunità (italiana, europea, …)
Nodi fondamentali:

Interfaccia per l’accesso alla Grid e ai suoi servizi. Questa attività comporta la creazione del livello più alto (Applications and services) con particolare attenzione alle seguenti sottoattività:

 a. definizione e realizzazione dell’ambiente collaborativo
 b. uso del Content Management per la personalizzazione dell’ambiente
 c. utilizzo degli strumenti di workflow per la generazione di “esperimenti” complessi (che potranno eventualmente essere pubblicati come nuovi servizi)

Federazione di Basi di Dati remote ed eterogenee che comprendano sia dati pubblici “public domain” come, ad esempio, i dati genomici presenti nel database ENSEMBL o quelli proteomici nei databases IPI o INTERPRO, che i dati prodotti dalle diverse UR costituiti tra gli altri dalle banche dati specializzate UTRdb/UTRsite, DB -MATS sviluppate dalle diverse UR.

Tutti gli strumenti che si intende mettere a disposizione nel laboratorio saranno confezionati sotto forma di Servizi (Grid Services) per poter essere accessibili in modo trasparente.

 a. I tools di analisi e visualizzazione messi a punto dai partner bio saranno reingegnerizzati secondo l’approccio “Grid Service”. Ci proponiamo di studiare e implementare come trasformare questa classe di algoritmi in flussi di Servizi capaci di autoriconfigurarsi sulla base dello stato e del carico della grid.
 b. Eventuali Servizi bioinformatici già esistenti saranno collezionati e inseriti nel laboratorio (ad esempio EBI ha già realizzato un servizio EMBOSS, alcuni Partner hanno messo a punto servizi specifici)
 c. Verrà organizzato un Registro dei Servizi con uso di tecniche di Knowledge Management e di Ontologie per la classificazione e reperibilità dei servizi.
 d. Attività di parallelizzazione e ottimizzazione di programmi particolarmente “resource demanding”