Work Package 4

last modified 2007-10-08 11:05

WP4: Federazione di Basi di Dati
Responsabile: IBM - Collaborano: SPACI, CINECA, INFN

Federazione di Basi di Dati remote ed eterogenee che comprendano sia dati pubblici “public domain” come, ad esempio, i dati genomici presenti nel database ENSEMBL o quelli proteomici nei databases IPI o INTERPRO, che i dati prodotti dalle diverse UR costituiti tra gli altri dalle banche dati specializzate UTRdb/UTRsite, DB -MATS sviluppate dalle diverse UR.
Principali Attività previste relativamente al tema del Data Federation:
- Attività 1: Studio dello stato dell'arte di strumenti di data integration in ambito bioinformatico Studio delle principali categorie di database bioinformatici Studio degli strumenti di data integration attualmente disponibili deliverable Bioinformatica e Data Integration

Attività 2: Analisi dei requisiti ed esigenze di data representation dei partner del progetto LIBi

Documenti prodotti

IBM_D1_WP4_Task01 Bioinformatica e Problematiche di Data Integration and Federation

IBM_D3_WP4_Task02 Ipotesi e valutazione di modelli di integrazione di dati in ambiente grid per il LIBI

IBM_D5_WP4_Task04 Analisi e disegno connettore di integrazione vari formati di dati utilizzabili in modo federato all’interno della piattaforma LIBI

IBM_D6_WP4_Task04 “Implementazione del connettore EMBL per il database federato” (codice non pubblicato)

IBM_D7_WP4_Task03 “Disegno del software per la sottomissione automatica in HmtDB di nuovi genomi”

IBM_D8_WP4_Task03 “Disegno del database HmtDB per l'annotazione di genomi mitocondriali umani di soggetti affetti da patologie mitocondriali”

IBM_D9_WP4_Task03 “Disegno del sistema di Retrieval e Analisi per lo studio comparativo di genomi mitocondriali umani di soggetti sani verso soggetti affetti da patologie mitocondriali”

IBM_D10_WP4_Task03 “Disegno del sistema di aggiornamento automatico della banca dati HmtDB in relazione ai dati clinici derivati da banche dati on line specifiche”

IBM_D11_WP4_Task01 “Studio e analisi di modelli per lo scambio dei dati genetici e clinici della piattaforma LIBI con entità esterne”

IBM_D12_WP4_Task02 “Analisi database e fonti dati biomedici di supporto a processi di mining”

IBM_D14_WP4_Task01 “Studio e disegno di una interfaccia utente per l'estrazione di informazioni di natura genetica dai database della piattaforma LIBI (adattabile all'asset BioWBI di IBM)”

IBM_D15_WP4_Task01 “Disegno modello logico e fisico di un DB federato di banche dati specializzate della bioinformatica di interesse per la piattaforma LIBI”

IBM_D16_WP4_Task01 “Implementazione di un prototipo di un modulo di query verso i database della piattaforma LIBI, incluso il database federato, che sia integrabile con l'asset BioWBI di IBM” (codice non pubblicato)

IBM_D17_WP4_Task01 “Studio, analisi ed implementazione di User Defined Function per il database federato LIBI di applicabilità nei domini della bioinformatica” (codice non pubblicato)

IBM_D18_WP4_Task01 “Analisi ed implementazione di una procedura di indicizzazione di flat file in formato EMBL compatibile con il wrapper EMBL del database federato LIBI” (codice non pubblicato)

LIBI